1948年，国共战争时期，共产党打败国民党占领了长春，首先面对的问题便是如何处理城内外数万具正在逐渐腐烂的尸体。另根据保卫部内线得到情报，国民党保密局不甘心失去长春，已经制定了一个毁灭长春的“三城计划”，企图通过细菌战将长春变成瘟疫之城、腐烂之城、死亡之城。
大灾之后往往有大疫，共产党派了门玉生来长春当卫生局局长。在这片看不见硝烟的战场上，门玉生带领着高大军等一批医疗、防疫干部，一方面要对付鼠疫、霍乱、天花、伤寒、脑炎、回归热等病疫，一方面还要应对来自敌特分子的破坏与阴谋……几十万老百姓的命运将何去何从？