《普通高等教育"十一五"国家级规划教材•全国高等学校教材•制药工程设计》的宗旨就是培养学生运用上述理论知识与制药行业的法令、法规结合制药企业的实际情况对具体工作的设计能力，培养学生的工程设计能力；从制药工程的整体和技术经济角度出发，切实地为制药企业设计出技术先进、可行性强、经济合理的建设方案奠定初步理论基础。制药工程设计是一门运用药学理论、工程设计与具体制药企业的实际来完成筹建策划设计，实现药品规模生产、质量监控等一系列理论与实践相结合的综合性学科。制药工程设计研究的对象就是研究制药项目如何组织、规划并实现该药的大规模工业化生产，最终建成一个质量优良、科技含量高、劳动生产率高、环保达标、确保安全运行的药物生产企业。
某种新药在实验室研制成功后，如何将其转化为可供临床应用的药物，如何将该项技术转化为生产力，如何使该项成果转化为经济效益，也就是如何进行工业化规模生产的问题。制药工程设计所研究的内容就可以使以上设想变为现实，即完成由实验室产品向工业化产品的转化，把新药的研究成果转化为制药企业建设的计划并付诸实施。运用制药工程设计的理论将实验室的药物生产工艺逐级地由中试放大到规模化大生产的相应条件，在选择中设计出最合理、最经济的生产流程，根据产品的档次，筛选出合适的装备，设计出各级各类的参数，同时选择厂址、建造厂房、布置车间、配备各级各类的生产设备与设施，质量监控设备，检验、化验设备，自动化仪表控制设备，其他公用工程设备，最终使该制药企业得以按预定的设计期望顺利投入生产。这一过程即是制药工程设计的全过程。