《黄元御医学全书》收录了《四库全书》著录的黄氏存世医书11种，即《素问悬解》《灵枢悬解》《难经悬解》《伤寒悬解》《金匮悬解》《伤说意》《四圣心源》《四圣悬枢》《素灵微蕴》《长沙药解》《玉楸药解》，凡101卷。
黄氏之作，是积20余年研习医学经典的心得体会写成。书中对《素》《灵》《难经》《伤寒》《金匮》诸书，进行了重新编次、厘定；对其原书文字，逐段诠释，阐发其经旨微义，确有独到之处，诸如对天人相应、阴阳五行、沉经络腧穴、病能脉法、气血营卫、泻南补北等经旨医理，多有创见、发挥。
《黄元御医学全书》，除收载黄氏医书11种外，还收录了本书主编写的“黄元御医学学术思想研究”一文，凡数万言，可供今人及来者对黄氏医学建树、学术思想、医术特色及治学态度的研究等有所参考。